集体土地上的房屋在一定条件下法院是可以进行拍卖的。
一、拍卖条件
集体土地上建造的房屋，若是居住用房，其受让人一般只能是房屋所在地乡（镇）范围内具备居住房屋建设申请条件的个人，受让范围一般局限于当地农村户口的农民。因此，这类房屋的转让受到较大限制。
根据《中华人民共和国土地管理法》第六十三条，集体土地的使用权不得随意出让、转让或者出租用于非农业建设。这意味着，如果房屋下的土地是集体土地，那么该土地的使用权并不能随意转让给非集体成员。
在某些情况下，如被执行人未履行法院判决，法院有权对集体土地上的房屋进行查封、拍卖等强制执行措施。但需要注意的是，如果是被执行人生活必需的房屋，法院只能查封，不能拍卖。
土地与建筑物的分离：在拍卖集体土地上的房屋时，应明确拍卖标的仅为地上建筑物，不包括土地。因为集体土地的所有权归属于集体，个人无法拥有土地所有权。因此，购买者在拍卖中获得的仅是建筑物的所有权和使用权，而不包括土地所有权。
二、法律依据
依据《最高人民法院关于人民法院民事执行中查封、扣押、冻结财产的规定》第六条和第八条，法院在民事执行过程中有权对财产进行查封、扣押、冻结。对于被执行人及其所扶养家属生活所必需的居住房屋，法院可以查封，但不得拍卖、变卖或者抵债。
《最高人民法院关于人民法院民事执行中查封、扣押、冻结财产的规定》第六条
查封、扣押动产的，人民法院可以直接控制该项财产。人民法院将查封、扣押的动产交付其他人控制的，应当在该动产上加贴封条或者采取其他足以公示查封、扣押的适当方式。
《最高人民法院关于人民法院民事执行中查封、扣押、冻结财产的规定》第八条
查封尚未进行权属登记的建筑物时，人民法院应当通知其管理人或者该建筑物的实际占有人，并在显著位置张贴公告。
根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，集体土地上的建筑物，包括房屋，其所有权归属于建筑物所有人。在涉及债务清偿等法律执行过程中，法院有权对被执行人的财产进行查封、扣押、冻结甚至拍卖。然而，由于集体土地的特殊性质，拍卖活动通常仅限于地上建筑物，而不包括土地本身。
三、拍卖流程
在进行拍卖前，法院会依法进行公告，并通知相关权利人。拍卖过程中，应确保程序的公开、公平、公正。拍卖结束后，购买者需办理相关产权过户手续，并遵守当地关于集体土地上房屋使用的相关规定。拍卖所得将用于清偿债务。由于集体土地上的房屋转让受到限制，因此拍卖的受众范围也会相应受到限制。
综上所述，集体土地上的房屋在特定条件下是可以由法院进行拍卖的，但受到诸多法律法规的限制和约束。